咨詢熱線在水保方案編制過程中存在一些問題。不同的方案編制單位水平不同，層次差異較大。這意味著不同單位在編制方案時的質量和水平會有差異，有些單位可能缺乏專業知識和經驗，導致方案質量較低。其次，方案編制階段與實施階段的內容差異較大。方案編制階段的目標是設計出科學合理的方案，而實施階段的目標是落實和執行方案。
1、 方案編制單位水平各異，層次差別較大
在《國務院關于取消和調整一批行政審批項目等事項的決定》(國發〔2015〕11號)頒布之前，生產建設項目水保方案基本由持證人員編制完成，頒布之后出現了編制人員多樣化的局面。由于專業的不同、從業人員的編制經驗不同、各編制單位對方案的編制內容理解不同，所形成的方案報批稿水平各異、層次差別較大，尤其是市縣批復的項目。水保方案僅僅是諸多項目前期報備材料應具有的條件之一，只要符合編制程序、編制規范就可以通過評審并取得批復。這里面編制質量的好壞、設計措施落實的實際可能性大小無法真正體現，最終造成了后續驗收困難。
2、方案編制階段與實施階段內容差異較大
按照水利行業的一般規定，水保方案編制可分為可行性研究、初步設計、技施設計三個階段。但是，由于鐵路、公路、電力、能源、城市建設等行業前期工作的階段劃分和要求與水利行業存在較大的差異，因此其前期工作的深度不能滿足水保方案編制的要求。目前，水保方案編制階段一般理解為建設項目可行性研究階段，依據的文本主要是可行性研究報告。而諸多案例表明，不同類型建設項目可行性研究階段的技術深度不同，好多水保方案必須重視的關鍵部位和關鍵內容在可行性研究階段交代不深，所形成的報批稿往往在后續實施(設計)階段變化很大。這種變化的最終處理方式是方案變更不僅耗費時間，造成建設單位的額外支出，還會影響項目的開工建設時間。
3、 設計階段工作相對弱化
按照水保方案編制程序，方案報批后建設單位要委托相關單位完成水土保持初步設計直至施工圖設計，但實際的情況是這種后續工作多為空白。好多項目僅僅依據批復的水保方案進行措施落實，而落實的情況卻因各種原因與方案設計差別較大，水土保持三同時制度在此環節上錯位尤為嚴重。
4、同一區域設計內容差異較大
水保方案一般是由建設單位自主或者委托第三方單位編制完成。各編制單位的喜好和技術條件決定了同一區域水保方案側重點不同、措施類型五花八門。工程技術力量強的喜歡設計各種工程措施，植物技術力量強的喜歡設計各式各樣的植物措施，從而造成了同一區域最終落實的水保措施各不相同。這種情況雖然有部分工程的特殊情形限制，但在同一區域不同的設計思路往往破壞了區域整體規劃，所導致的后果往往是區域整體統一性和標準化出現過大的差異。比如，西北某省一個光伏產業園區20多家單位就編制了20多個不同的方案，而且措施各異。
5、建設單位理解不到位，重視不夠
近幾年，由于國家加強對生產建設項目的環保、水保督查工作，各項目建設單位對這方面的工作也有所加強，大多數建設單位不僅自己成立了專門的部門落實和檢查水保工作，而且各施工單位也同樣有專門的部門完成這一工作。但實際的情況是無論是建設單位還是施工單位，機構有、制度有，就是缺乏相關專業技術人員。盡管有水土保持監測單位和監理單位的現場工作輔助，但對一些突發性的水土流失事件往往無法及時處置，甚至出現好多單位認為水土保持工作就是環保工作，往往將環境報告和水保方案報告的落實等同一事。
